در طول تاریخ چندین بار حاکمیت باتومی تغییر کرده و تحت حکومت امپراتورهای مختلف قرار گرفته است . برای مدت ها باتومی در دست اعراب بود و در قرن دهم میلادی جزئی از پادشاهی گرجستان شد . در اواخر قرن 15، پس از فروپاشی پادشاهی گرجستان ، باتومی به شاهزادگان گوریا منتقل شد . در قرن 15 میلادی ترکان عثمانی ، باتومی و محدوده ان را به تسخیر خود درآوردند ولی نتوانستند آن را برای خود حفظ نمایند . بعد از چندین بار کش و قوس میان عثمانی ها و گوریاها سرانجام در سال 1723 باتومی جزو تصرفات عثمانی شد و ترویج اسلام در این شهر آغاز گردید .
در قرن نوزدهم بین روس ها و ترک ها جنگی در گرفت که نتیجه آن جدایی باتومی از سرزمین عثمانی و واگذاری آن به امپراتوری روسیه شد . سرانجام در اوایل قرن بیستم حاکمیت باتومی به دولت گرجستان سپرده شد . اما این پایان کار نبود و دوباره در سال 1918 این شهر به دست امپراتوری عثمانی افتاد . دیری نپایید که بریتانیایی ها اداره شهر را به دست گرفتند . یک سال بعد نیز باتومی تحت سلطه جمهوری سوسیالیست شوروی قرار گرفت . در سال 1989 با فروپاشی شوروی ناآرامی های متعددی در این شهر صورت گرفت که نتیجه آن تشکیل جمهوری خودمختار آجارا به عنوان بخشی جدایی ناپذیر از گرجستان شد .